Это можно сделать с помощью механизма свойства партии.
В качестве вида свойства заводится сертификат, а в качестве значения свойства - номер сертификата. Эта информация заполняется в документ поступления. В документе отгрузки она будет распределена согласно партионному учету, установленному для фирмы.