Возможно, в документе "Записи книги продаж" присутствуют строки по договорам, по которым уже были внесены записи в книгу продаж отдельными документами (возможно, флажок "использовать документы по договору для автоматического формирования книги покупок и книги продаж" не был установлен в карточке договора контрагента и режим автоматического формирования записей не использовался).
Старые договоры (имеющиеся до перехода на ред. 4.4) рекомендуется вести без автоматического формирования книг покупок и продаж, а для вновь заключаемых в редакции 4.4 договоров флажок можно отметить.