В файле нет сведений по аналитике "Номенклатура" и "Места хранения" для счетов, причем никаких, ни корректных, ни некорректных, но если посмотреть в ветку "Правила обмена", то там все описано как надо, это говорит о том, что проблема в самом деле в ТиС. Такой эффект может быть вот от чего. Посмотрите в меню: Сервис-Выгрузка в бухгалтерию-План счетов. Аналитика для счетов у вас там не пустая? Если пустая, то жмем внизу кнопку "Заполнить" и перезаполняем План счетов, если не пустая, выбираем, например, счет 41 и открываем его в форме диалога. Жмем в субконто "Номенклатура". Должны увидеть справочник, в котором указано соответствие идентификаторов субконто и объектов базы ТиС. Для Номенклатуры должен быть указан "Справочник.Номенклатура", для МестаХранения - "Справочник.Склады".