Вообще, пересчет бухитогов происходит при изменении плана счетов, а именно, реструктуризации счетов, изменении аналитики и т.п. Я бы стал копать в в эту сторону. Сравните планы счетов. Возможно, в разных экземплярах распределенной базы состав плана счетов отличается, в свойствах миграции написано, что синхронизировать планы счетов не нужно, но ошибочно флаг о том что планы имеют изменения проставляется, потому и вызывается пересчет итогов. Еще можно посмотреть на текущий период бухитогов в разных базах. Если он различен, то пересчет тоже, по идее может вызываться.