Столкнулся с такой же проблемой. После анализа алгоритма расчета дней по календарю выяснилось, что при формировании массива дней, которые должны исключаться из расчета (см. функцию Глобального модуля глЗаполнитьМассивДней())- в процессе формирования массива участвуют 2 вида расчета: ОплатаБЛ и ОплатаБЛЗаСчетРаботодателяс2004. Оба вида расчета включены в Группу УчитыватьДни. Поэтому, в результате работы функции устанавливается признак дня больничного не 0, а -1, что при расчете дней по календарю воспринимается как рабочий день (см. Функция ПолучитьКоличествоДнейОтпускаПосле240403()). После удаления ВР ОплатаБЛЗаСчетРаботодателяс2004 из группы УчитыватьДни все стало считаться нормально.