>Вот как раз есть у меня клиенты, которые с договоров ГПХ уже два года платят полностью все взносы

Взносы то платят полностью, а з/п у них нету - расчетной базы нету - следовательно минималка. Оформить больничный можно только сотруднику по ТД (кому я это говорю =)). Для ГПХ выплата все же будет компенсационной и скорее всего разовым начисленим.

Хотя есть мнение, что больничный предоставляться должен для оправдания отсутствия на работе и только.

> Вот как раз есть у меня клиенты, которые с договоров ГПХ уже два года платят полностью все взносы
> ( в 2009 году ЕСН платили) на добровольной основе. И больничные работникам оплачивают. А вот оформить им в программе больничный я все-равно не
> могу

Перестраховываются от проверок. Потому как в большинстве случаем это не что иное как скрытая форма (уход от налогов) отплата труда.

Не пробовали проводить начисления по б/л через разовые начисления ?

Через основные скорее всего не получится, а вот через доп начисление можно попробовать (до формирования 4-ФСС)