Зачет НДС с авансов по разным ставкам при автоматическом формировании книги покупок

Наша фирма получила аванс одним платежом в октябре за облагаемый и необлагаемый НДС товар (мед. техника). Отгрузка происходила поэтапно, в ноябре был отгружен облагаемй товар, в декабре -необлагаемый. Записи в книгу покупок формировались автоматически, и получилось, что НДС с аванса пошел в зачет в декабре (пропорционально почему-то). Налоговая не принимает такую декабрьскую декларацию по НДС, сказали сдавать уточненную. Неужели исправить всё можно, только формируя книги покупок-продаж вручную?