Понятно, что счет 90 как таковой на конец любого периода (месяца) сальдо не имеет. В процессе закрытия 90 счета Разница между субсчетом 90.01 и субсчетами 90.02, 90.03 и т.д.(там еще куча "дебетовых" субсчетов!) относится соответственно в дебет или кредит счета 90.09.
Если по Вашему утверждению 90.01, 90.02, 90.03 остались прежними, а оборот 90.09 изменился, значит кроме 90.01, 90.02 и 90.03 был или наоборот не был, а потом появился субсчетик с некой суммой. Иначе никак быть не может!
Что касается налога на прибыль. Вы мешаете в кучу бухгалтерский и налоговый учет. Налог на прибыль считается по данным налогового учета, которые, вообще говоря, не обязаны совпадать с бухгалтерскими, могут отличаться. Это я к тому, что судить об изменениях данных по налогу на прибыль можно лишь на основании другого отчета. Есть такой "Анализ учета по налогу на прибыль". Опять же и этот отчет возможно не совпадает с той НД, которая сдана с налоговую. Точнее, и ранее не совпадал. В конце концов, сформируйте ещё раз декларации на налогу на прибыль и сравните с ранее сданными.
А вообще, не приятная это вещь, изменения в ранее закрытых периодах! Прежде чем перепроводить "старьё", я всегда и архив предварительно делаю и оборотки помесячно распечатываю. Иногда лучше изыскать другие методы "исправления". А если уж знаете, что действия Ваши в ранних периодах никак не затронут "рассчитываемые" данные (типа себестоимости чего-то и т.п.), лучше вообще не перепроводить, пропустить этот шаг. Возможность для этого в 1С БП имеется.
Удачи.