В письме Минфина России от 10.12.2009 № 03-03-06/4/104 даны разъяснения по организации учета в бюджетном учреждении, имеющем несколько источников поступления денежных средств (в рамках целевого финансирования и от предпринимательской деятельности). В документе дан ответ на вопрос, как для целей исчисления налога на прибыль распределить расходы, являющиеся общими и для уставной, и для предпринимательской деятельности.
В соответствии с пунктом 3 статьи 321.1 НК РФ, если бюджетными ассигнованиями, выделенными бюджетному учреждению, предусмотрено финансовое обеспечение расходов по оплате коммунальных услуг, услуг связи, транспортных расходов и т. п. за счет двух источников, то в целях налогообложения принятие таких расходов на уменьшение доходов производится в особом порядке. Налоговый учет затрат производится пропорционально объему средств, полученных от предпринимательской деятельности, в общей сумме доходов (включая средства целевого финансирования).
Использовать для расчета пропорции бюджетное финансирование только в сумме целевой статьи "Обеспечение деятельности подведомственных учреждений" без учета финансирования, выделенного для уплаты налогов, при этом нельзя. Для расчета указанной пропорции используется общая сумма средств целевого финансирования.