Нужно с помощью групповой обработки справочника номенклатуры (Справочники/Групповая обработка справочников...) отобрать товары, которых нет в наличии ("остатки" - "отрицательные").
Именно для этих товаров надо установить признак "Не включать в прайс-лист" с помощью действия "Флаг включения в прайс" - "снять".
При подборе товаров в документ установить в фильтре (кнопка "Изменить фильтр") флаг "Показывать только включенную в прайс номенклатуру".
В этом случае товары, для которых установлен флаг "Не включать в прайс-лист", показываться не будут.
