Для того чтобы начисление сотруднику не попадало в состав расходов по налоговому учету, нужно в форме этого начисления в справочнике "Виды начислений (выплат) работникам" в поле "для целей налогообложения" указать "Расходы не принимаются".
Если начисление должно отражаться в налоговом учете, соответственно, в форме элемента следует указать "Расходы принимаются".
Если требуется расходы частично принять (в части больничного за счет работодателя), а частично не принять (в части больничного за счет ФСС), то в этом случае просто нужно ввести два вида начислений (расходы принимаются и не принимаются) и для каждого из указанных случаев ввести свой документ "Начисление зарплаты" со своим видом начисления.