При переходе на автоматическое формирование книг покупок и продаж рекомендуется расчеты с контрагентами начиная с какого-то выбранного момента времени (например, с первого числа месяца) вести по новым договорам, для которых необходимо установить флажок "Использовать документы по договору для автоматического формирования книги покупок и книги продаж".
По старым договорам (которые были до первого числа этого месяца) следует продолжать вести расчеты вручную, пока задолженность по этим договорам не закроется.