Оказалось все просто, в окне начисление страховых взносов, начисление на компенсацию отпуска стояло на закладке Дополнительные начисления и там была галочка Облагается по льготе. Ее убрать и вручную поменять сумму налогов по человеку, тогда в ИС тянет.