У налоговой подход один. Метод Сторно прокатывает, когда база получается неотрицательной, а данном случае, который не редок, не катит. Здесь надо делать удержание. Учетную политику менять не обязательно. Просто "удержание за неотработанный отпуск" заменить на обычное удержание.