Тэра, "В январе сотруднику начислили, к примеру, доход в натуральной форме, исчислен НДФЛ 100 руб."
А сам нат.доход доход был получен? Ведь в НК вроде нет понятия исчисленного налога? Если есть получение нат.дохода, то налог должен быть удержан при ближайшей "наличной" выплате за что либо этому сотруднику. То, что ты называешь эту выплату авансом или оплатой за что-то другое, не отменяет обязанности удержать налог с нат.дохода. Значит аванс должен быть увеличен на сумму налога с нат.дохода. Тогда он останется "чистым".