У вас заключен агентский договор с собственником транспорта? Т.е. с тем, кто "реально" оказывает услуги клиентам, "найденым" вами?

Чистая агентская схема! Акт и с\ф выданный вы выписываете заказчику от своего имени на всю сумму услуги. Но с\ф не включаете у себя в книгу продаж (Д90 К68 нет проводится), а только в реестр выданных. Выручка у вас по 90 счету не отражается а "ставится" на расчеты с принципалом (обычно 76.5 счет). После принятия принципалом вашего отчета агента вы выставляете ему агентское вознаграждение, которое проводите через 90 счет, как обычную услугу (в т.ч. и НДС по вознаграждению). Если по договору имеете право, то в качестве оплаты за свою услугу можете сделать зачет Д76.5 (расчеты с принципалом) К62.1 (расчеты по аг.вознаграждению). Остальную сумму перечисляете принципалу и передаете ему документы, выписанные клиентам, для отражения выручки и начисления НДС. Полученный отнего с\ф учитываете у себя только в реестре полученных.

если нет принципала, значит вы не агент, а непосредственный исполнитель! Тогда на всю выручку вы и платите НДС! И аг.вознаграждение предъявлять некому. С обственником транспорта вы заключаете договор аренды т.с. Он вам выставляет с\ф за аренду его транспорта. НДС по этому с\ф вы возмещаете. Получается, что (фактически) вы заплатите НДС полько по "своей" части выручки.

если принципал не плательщик, то и выставляйте без НДС. С НДС только свое аг.вознаграждение выставите принципалу. Правда он не сможет его возместить, но они к этому привыкли!