Я когда проводила тест: заводила премию не в Премиях сотрудников, а в Разовых начислениях, то при выплате НДФЛ вычитался, единственное, что для выплаты Премия, нужно указывать документ Премии сотрудников организаций. Сейчас я попробую вариант, предложенный здесь, через ввод Начисления зп с видом операции Расчет НДФЛ.