Почему в себестоимость идет не закупочная цена, а оптовая?

Ясно то, что в себестоимость должна идти закупочная цена и списывается сначала первая партия закупленного товара + доп.расходы. Что имено не ясно ...даже не знаю...наверное пока все ясно. Отслеживать может и не нужно, но приходится, т.к. показатели валовой прибыли нужны руководителям и нам важно дать им наиболее достоверные данные. Если где-то краснота, то соответственно приходится разбираться почему она возникла.
Программисты нам ничего не настраивали, только давали кое-какие советы...Все, что сделали программисты - настроили выгрузку из УТ в Предприятие где я могу видеть проводки и формировать отчетность, ну и еще кое-какие обработки, которые нужны только для удобства. Я не программист, а бухгалтер и собственно все, что происходит в программе рассматриваю с точки зрения как должно быть, а не как получается. И вдаваться в тонкости работы программы не очень-то хочется, т.к. у меня у самой работы выше крыши. Руководители на всем экономят - работа программиста нынче недешево стоит (да и достучаться до руководителей что это того стоит довольно сложная задача). Поэтому как могу своими силами разбираюсь.
И если не трудно в двух словах про УТ11 - что за отдельный механизм? Как он работает?

- В партионную стоимость идет сумма, а не цена. Это важно помнить, т.к. в настройках учетной политики есть флаг "Не включать НДС в партионную стоимость", который "отвязывает" зависимость от цены.
 - При перепродажах так же важен флаг ведения партионного учета по складам. Без этого флага в УТ 10.3 вообще не возможно разделить партионные остатки по организациям и для разделения нужно товары, принадлежащие какой-то организации держать на отдельном виртуальном складе.
 - Кроме непосредственного поступления ТМЦ и доп.расходов, на партионную стоимость влияет ордерная схема учета (возможно вы ее и не используете, но в голове держите к сведению).
По УТ 11... После
> работа программиста нынче недешево стоит (да и достучаться до руководителей что это того стоит довольно сложная задача)
это
> про УТ11 - что за отдельный механизм? Как он работает?
...не имеет никакого смысла. Это продукт для более "развитых" организаций. А общие сведения найдете на v8.1c.ru

> флаг "Не включать НДС в партионную стоимость"
у меня отключен

> флаг ведения партионного учета по складам
есть

> Без этого флага в УТ 10.3 вообще не возможно разделить партионные остатки по организациям
По организации В я приходую сначала на оптовый склад, затем перемещением провожу на розничный, с которого потом отчетом о розничных продажах провожу реализацию.  Таким образом у меня видно где какой товар находится и вроде бы партии не смешиваются при этом (самое главное внимательно склады указывать, а не как я в этот раз посадила не на тот склад и мучилась 2 дня в поисках). Я на верном пути?

> ордерная схема учета
где настраивается? ни разу не встречала...

> Я на верном пути?
Вы на единственном пути.

> где настраивается? ни разу не встречала...
Настраивать ничего не надо. Ордерная схема - учет неотфактурованных поставок и отгрузок (без документов). Используется когда, например, пришел товар на склад, а документы позже придут, но есть желание этот товар продавать. Для того, что бы товар появился на остатках используют документ "Приходный ордер". После же появления документов поставки и оформления док-та "Поступление товаров и услуг" возникает потребность определения списанной стоимости на проданный остаток товара. Таким образом списанная себестоимость появляется у документов реализации позже факта оформления продаж. Вот так ордерная схема влияет на отчет "Валовая прибыль".