Страховые взносы

Говорят, что прям точно-точно нужно-нужно оставить, что так оно должно быть

А почитать НК? Разве при смене ИНомерНалогоплательщика не меняется налогоплательщик?

Де-факто произошло кадровое событие увольнения сотрудников из одной организации и приема в другую в порядке перевода.
Все ваши действия в системе должны исходить из этого.
Если поменялся ИНН, то поменялся и налогоплательщик (и налоговый агент).

Действительно, налоговый агент поменялся. И НДФЛ должен считаться с нуля. Поэтому нужно почистить и регистры базы-начисления-удержания-уплаты НДФЛ этого года, но ввести сведения о доходах у предыдущего налогового агента для правильного исчисления пределов вычетов, у кого они есть.
Для 7.7 ЗиК решение есть, делал не раз, для ЗУП - увы...

А при "чистке НДФЛ" у вас программа может и увидеть что были начисления в пред периодах заработной платы и автоматически пересчитывать НДФЛ??!