Ученица, да мы тоже столкунлись с данным вопросом, например при начислении больничного. Больничный мы начисляем в текущем месяце и выплачиваем вместе с з/п 10-го числа следующего месяца. Методом проб и ошибок решили, что будем ставить в документе дату выплаты дохода в больничном последний день месяца. Таким образом в 2-НДФЛ попадет в месяц начисления и в разделе 2 6-НДФЛ отразится так как надо, в одной строке вместе с з/п (например по 100-й строке 29.02.2016, 110 строка - 10.03.2016, 120-я строка -11.03.2016),.