Начисление налогов при выплате зарплаты

Рисовод, Ну так вот, и как это организовать в 1с бухгалтерия КОРП?

Анна Афанасьева, что "организовать"? Не знаешь как в параметрах организации добавить код и наименование отделения ИФНС, где организация (агент) стоит на учете?

Рисовод, т.е. для каждого работника такой учет сделать не получиться -
значит организация уплачивает налоги по своим сотрудникам только в своем налоговом органе?

Анна Афанасьева, да, если нет обособленных подразделений. Тут же написано (сотрудник - налогоплательщик, работодатель - агент):
7. Совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета (месту жительства) налогового агента в налоговом органе, если иной порядок не установлен настоящим пунктом.

Желаемый вами учет организовать можно, если для каждого сотрудника создать обособленное подразделение, зарегистрированное в его (сотрудника) налоговой!