У меня торговля ОСНО+ЕНВД.
Для Вас в контексте совмещения ОСНО и ЕНВД главное - правильно организовать раздельный учет. Если Вы используете 1С, это не составит труда. Если на пальцах объяснять, то Вам нужно разделить доходы и расходы, относящиеся к разным видам деятельности (разным в смысле налогообложения) по счетам бухгалтерского учета. ИП конечно же могут не вести бухгалтерский учет, но для бухгалтера это более понятный подход. С доходами всё понятно, тут либо ЕНВД, либо ОСНО. С расходами нужно помудрить. Нужно точное понимание, какие расходы к какому виду деятельности можно отнести, а какие нет. Например, аренда торговой площади под ЕНВД будет относиться в расходам ЕНВД и учитываться соответственно, аренда оптового склада под ОСНО будет относиться в расходам ОСНО. Но аренда офиса, где сидят менеджеры или лучше руководитель и бухгалтер нельзя отнести четко к какому либо деятельности, они занимаются и тем, и тем, поэтому расходы на такой офис или зп руководителя и бухгалтера, будут относиться к расходам, распределяемым в конце месяца пропорционально доли выручки в общем объеме. И т.д.
Теперь самое наверное интересное для Вас, НДС. Подход такой: если расходы по ОСНО, то принимаем НДС к зачету, если по ЕНВД, включаем в стоимость. Если же расходы из разряда распределяемых, НДС "распределяем", высчитываем долю НДС, которую можно принять к зачету, и долю, которую нужно включить в стоимость. Все эти манипуляции очень хорошо умеет делать 1С. При определенных настройках. Что касается налоговой декларации по НДС, в ней отразятся только операции, относящиеся к деятельности ОСНО. И в книгу покупок зачетный НДС попадет только в части принятого к зачету по деятельности ОСНО и принятый к зачету после распределения, т.е частично. В книгу продаж соответственно только операции с НДС. Отдельного обсуждения заслуживает вопрос, что делать с НДС по товару-материалу, который куплен, но заранее не известно, в какой деятельности употреблен будет. Если вопрос интересен, можно продолжить осуждение.