Разобралась. Как оказалась у меня проблема частная: на ЗУП 3.0 перешли с 01/10/17. И я думала что в ноябре уже не будет проблем переходного периода. Ошиблась. Не верно считается (не видит что сотрудник в отпуске) по сотрудникам, у которых отпуск начался в последних днях сентября и захватил ноябрь (у нас есть доп.отпуска). В декабре уже такой беды нет. При этом правильно рассчитывает все остальные стандартные начисления. Если сотрудника отправили в отпуск уже в этой программе, тогда все верно считает.