Из письма Минфина России от 16.01.2008 № 03-03-06/1/8 следует, что в случае если одна из частей здания реконструируется более 12 месяцев, амортизацию нельзя начислять по всему зданию. Речь идет о ситуации, когда здание учитывается как единый объект основных средств.
В рассматриваемой ситуации амортизация не начисляется даже если другие части здания эксплуатируются.