Затраты на командировки работников в дочерние и зависимые общества можно учесть при расчете налога на прибыль. Одно из условий признания расходов - командировка должна носить производственный характер (письмо Минфина России от 02.09.2009 № 03-03-06/1/560).
Дополним, что производственный характер командировки должен быть обоснован именно в отношении командирующей работников организации. Если служебную поездку осуществили исключительно в интересах дочернего или зависимого общества, учесть затраты при налогообложении нельзя. Такой вывод высказывался Минфином России, в частности, при анализе случая, когда организация оплачивала командировки своих сотрудников, одновременно являющихся членами советов директоров (наблюдательных советов) зависимых и дочерних организаций. Целью командировки при этом являлись не интересы командирующей организации, а необходимость участия в заседании советов директоров (наблюдательных советов) дочерних и зависимых компаний.
О других требованиях, которые нужно учитывать при направлении работника в командировку см. здесь.