ВАС РФ в Определении от 12.03.2009 № ВАС-226509 указал, что если на дату принятия решения о доначислении НДС у организации имелась переплата по этому налогу в размере большем, чем выявленное налоговой проверкой завышение налогового вычета, то правовых оснований для доначисления налога за спорные периоды у инспекции не быть не может.
Подробнее читайте здесь.