МНС России в своем письме от 10.07.2002 № 03-1-09/1558/16-Х194 разъясняет порядок начисления налога на добавленную стоимость при аренде земельных участков.
Платежи, взимаемые территориальными органами Росземкадастра (Москомземом) за право заключения договора аренды, поступающие в соответствующие уровни бюджетов, НДС не облагаются.
Арендная плата за право пользования земельным участком (пп. 17, п. 2 ст. 149 НК РФ) освобождена от налогообложения НДС. Следовательно, по данной операции налоговые агенты не заполняют раздел 11 декларации по налогу на добавленную стоимость. Эта операция показывается налоговым агентом в приложении "В" декларации по налогу на добавленную стоимость.
При уплате арендной платы за земли, находящиеся в государственной или муниципальной собственности, счет-фактура выписывается налоговым агентом (арендатором) с пометкой "без НДС" с соответствующей регистрацией в книге покупок и книге продаж.