Передача арендатором арендодателю неотделимых улучшений арендуемого имущества на безвозмездной основе облагается НДС в общеустановленном порядке. Об этом сказано в письме Минфина России от 31.12.2009 № 03-07-11/341.
Налоговую базу в этом случае следует определять исходя из рыночных цен без включения в них НДС (п. 2 ст. 154 НК РФ).
Отметим, что имеются отдельные судебные решения, в которых высказана противоположная позиция: НДС начислять не нужно (см., например, постановление ФАС Московского округа от 30.09.2008 № КА-А40/9153-08). Упомянутое нами решение было вынесено по следующей ситуации: в результате ремонта были произведены неотделимые улучшения арендованного объекта, улучшение было произведено с согласия арендодателя, стоимость неотделимых улучшений не была возмещена арендатору при прекращении договора аренды.
Подробнее обозначенная тема рассматривается здесь.