В письме от 24.11.2014 № 03-07-11/59621 Минфин России рассмотрел вопрос о необходимости восстановления НДС по затратам на реконструкцию объекта недвижимости (СМР), который используется в производстве товаров, облагаемых НДС как по обычной, так и по нулевой ставке (экспортные операции).
Согласно редакции п. 3 ст. 170 НК РФ, действовавшей до 1 января 2015 года, суммы НДС, принятые к вычету по основным средствам, подлежали восстановлению в случае их дальнейшего использования для осуществления операций по реализации товаров (работ, услуг), облагаемых НДС по ставке 0 процентов (пп. 5 п. 3 ст. 170 НК РФ).
Специалисты Минфина России исходят из того, что НДС следует восстановить по тем основным средствам, которые косвенно используются при реализации экспортного товара, и не восстанавливать по тем, которые задействованы в его производстве. Такой подход основан на позиции ВАС РФ, выраженной в решении от 26.02.2013 № 16593/12.
Таким образом, если объект недвижимости использовался в производстве товара, реализованного на экспорт, применять пп. 5 п. 3 ст. 170 НК РФ налогоплательщик не должен. Это значит, что необходимость восстанавливать принятую ранее к вычету сумму НДС по расходам на его реконструкцию отсутствует.
Кроме того, необходимо отметить, что с 01.01.2015 приведенная в пп. 5 п. 2 ст. 170 НК РФ норма утратила силу. Однако и после этой даты следует применять прежний порядок.
Это связано с тем, что еще до введения упомянутой нормы (до 01.10.2011) Минфин России требовал восстанавливать "входной" НДС по ОС, которые реализуются на экспорт (письмо Минфина России от 25.10.2010 № 03-07-08/301).