Как следует из письма Минфина России от 29.01.2009 № 03-07-10/03, налогоплательщику, принявшему к учету строительно-монтажные работы по восстановлению объекта недвижимости в период применения «упрощенки», после перехода на общий режим налогообложения не стоит рассчитывать на вычет НДС по этим работам.
Свое мнение финансисты обосновали следующим образом.
Налогоплательщик вправе уменьшить общую сумму НДС, исчисленную в соответствии со статьей 166 НК РФ, на установленные налоговые вычеты, включая суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями при проведении ими капитального строительства, а также суммы налога по товарам (работам, услугам), приобретенным налогоплательщиком для выполнения строительно-монтажных работ (п. 1, п. 6 ст. 171 НК РФ). Согласно пунктам 1 и 5 статьи 172 НК РФ обязательными условиями применения вычета по НДС являются наличие соответствующих первичных документов, выставленных поставщиками счетов-фактур, а также факт принятия на учет приобретенных товаров (работ, услуг).
Последнее условие и явилось основанием для следующего вывода финансистов: «...вычеты налога на добавленную стоимость по строительно-монтажным работам, предъявленного подрядными организациями при восстановлении объекта недвижимости, возможно произвести в случае принятия на учет этих работ после перехода организации с упрощенной системы налогообложения на общий режим налогообложения».