Осуществление налогоплательщиком НДС одновременно деятельности, облагаемой этим налогом, и освобожденной от него, предполагает ведение раздельного учета НДС (ст. 170 НК РФ). Некоторые аспекты применения этого правила разъяснены в постановлении ФАС Московского округа от 14.12.2009 № КА-А40/14016-09.
При распределении "входного" НДС, относящегося к нескольким видам деятельности налогоплательщика, пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат налогообложению, в общей стоимости товаров (работ, услуг), имущественных прав, отгруженных за налоговый период.
В учетной политике компании, спор которой с налоговой инспекцией и рассмотрел суд, было предусмотрено округление указанного показателя по правилам математики (до целых значений процента). Судьями такой подход был признан полностью соответствующим законодательству.
О других правилах, которые нужно учитывать при организации раздельного учета НДС, см. здесь.