ФНС России в письме от 25.07.2005 № 10-1-13/367 сообщило, что наличие переплаты по одному налогу не освобождает от уплаты пени за неперечисление другого налога, даже если они зачисляются в один и тот же бюджет.
В соответствии со статьей 45 НК РФ налог может быть либо уплачен, либо зачтен по решению налогового органа, если возникла переплата в рамках одного бюджета. При этом в НК РФ нет положений, предусматривающих освобождение от пеней по одному налогу при наличии переплаты по другому.
Минфин России считает иначе. В письме от 01.03.2005 № 03-02-07/1-54 в ответе на частный вопрос было разъяснено, что в указанном случае нет необходимости компенсировать потери бюджета от недополучения в срок налоговых сумм, поскольку в бюджет деньги были перечислены. ФНС России сообщило Минфину России о несогласии с такой позицией.
Напомним, что между финансовыми ведомствами ранее уже возникали разногласия по поводу толкования налогового законодательства. Например, Минфин России как вышестоящая организация признал ошибочной позицию ФНС России по вопросу признания доходов при применении упрощенной системы налогообложения (подробнее читайте здесь). Подобный прецедент позволяет налогоплательщикам надеяться на разрешение очередного спора в их пользу.