При получении от "спецрежимника" счета-фактуры с выделенной суммой НДС, сумму налога можно принять к вычету. Такой вывод изложен в постановлении ФАС Московского округа от 12.02.2010 № КА-А40/476-10.
По общему правилу, налогоплательщики, применяющие спецрежимы, от НДС освобождены. Однако подпунктом 1 пункта 5 статьи 173 НК РФ установлено, что они обязаны заплатить НДС в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога. Организация-покупатель, оплатив стоимость приобретенных товаров (работ, услуг) с учетом налога на добавленную стоимость, вправе заявить сумму налога к вычету.
Отметим, что позиции контролирующих ведомств указанный подход не соответствует (см., например, письмо ФНС России от 06.05.2008 № 03-1-03/1925). Однако суды чаще всего налогоплательщиков поддерживают (подробнее см., например, здесь).
