Приостановление операций по счетам налогоплательщика распространяется, в том числе, и на таможенные платежи. Об этом сказано в письме Минфина России от 03.06.2010 № 03-02-07/1-265.
Объясняется этот подход так. В соответствии с пунктом 1 статьи 76 НК РФ приостановление операций по счетам в банке не распространяется на платежи, очередность исполнения которых в соответствии с гражданским законодательством РФ предшествует исполнению обязанности по уплате налогов и сборов, а также на операции по списанию денежных средств в счет уплаты налогов (авансовых платежей), сборов, страховых взносов, соответствующих пеней и штрафов и по их перечислению в бюджетную систему РФ.
Таможенные пошлины и таможенные сборы не относятся к налогам и сборам, регулируемым НК РФ, и к иным платежам, указанным в абзаце 3 пункта 1 статьи 76 НК РФ.
О других особенностях процедуры блокировки счета см. здесь.