Страховые взносы в ПФР по дополнительным тарифам начисляются с выплат в пользу работников, занятых на вредных и тяжелых работах (подп. 1, пп. 2-18 п. 1 ст. 27 Федерального закона от 17.12.2011 № 173-ФЗ). Делать это нужно индивидуально по каждому сотруднику. То есть страховать должен определять базу в отношении каждого физического лица, начислять взносы, а затем их суммировать для уплаты. Такие разъяснения даны в письме Минтруда от 14.08.2014 № 17-2/13/385 (ответ на запрос фирмы "1С").
В расчетных программах "1С" реализован именно такой механизм начисления взносов по доптарифам.