Если в учетной политике налогоплательщика методика ведения раздельного учета НДС не отражена, но фактически раздельный учет налогоплательщиком ведется, отказ налогового органа в вычете "входного" НДС является необоснованным и незаконным. Такой вывод изложен в постановлении ФАС Московского округа от 19.10.2009 № КА-А40/10622-09.
Во избежание споров с проверяющими механизм раздельного учета лучше, конечно, предусмотреть в учетной политике. О том, какие еще особенности нужно учесть при формировании учетной политики см. здесь.
Отметим, что новый документ содержит и другие интересные выводы по вопросу учета "входного" налога. В частности, в постановлении сделан вывод, что отсутствие идентичности экземпляров счетов-фактур покупателя и экземпляров счетов-фактур, остающихся у поставщика, не является фактом, лишающим покупателя права на применение налоговых вычетов по таким документам.
Налоговым кодексом РФ не предусмотрена обязанность налогоплательщика контролировать правильность заполнения экземпляров счетов-фактур, остающихся у поставщика. Поэтому несовпадение номеров и дат счетов-фактур не является препятствием для вычета.
