ВАС РФ считает, что заявления о зачете излишне уплаченного налога необходимо подать в налоговый орган в течение трех лет с момента перечисления налога в бюджет (постановление от 29.06.2004 № 2046/04).
В своем решении суд руководствовался пунктом 8 статьи 78 НК РФ, в соответствии с которым заявление о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы. Суд не установил различий по экономическому содержанию между возвратом и зачетом, поэтому посчитал возможным распространить норму пункта 8 статьи 78 НК РФ на право налогоплательщика зачесть излишне уплаченные суммы.
Таким образом, зачесть излишне уплаченные суммы можно в течение трех лет с момента перечисления налога в бюджет. По истечении указанного срока налогоплательщик утрачивает право на зачет.