УМНС по г. Москве в письме от 05.11.2004 № 24-11/71659 разъяснило отдельные вопросы исчисления НДС при аренде земельных участков.
При уплате арендной платы за земли, находящиеся в государственной или муниципальной собственности, налоговый агент (арендатор) не платит НДС, поскольку платежи за право пользование природными ресурсами не подлежат обложению НДС (подп. 17 п. 2 ст. 149 НК РФ). В этих случаях счет-фактура выписывается без НДС.
Напомним, что арендаторы государственной и муниципальной собственности являются налоговыми агентами по НДС и обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета декларацию по НДС не позднее 20 числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом (п. 3 ст. 174 НК РФ).
А вот вторичные сделки с земельными участками (субаренда и т. п.) уже облагаются НДС, так как это уже операции по оказанию платных услуг арендатором другому лицу.