В новом письме Минфина России от 29.03.2010 № 03-04-06/55 прокомментирована следующая ситуация: организация производит уплату исчисленной и удержанной суммы НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения обособленного подразделения, а в течение налогового периода некоторые сотрудники в силу производственной необходимости (замена работника на период болезни, отпуска и т. д.) переходят из обособленного подразделения в головное отделение.
Как отмечается в документе, если сотрудник организации в течение месяца работает и в обособленном подразделении, и в головном отделении организации, НДФЛ с доходов такого работника должен перечисляться в соответствующие бюджеты и по месту нахождения обособленного подразделения, и по месту нахождения головной организации с учетом отработанного времени.
Соответственно, сведения о доходах такого работника должны быть представлены и в налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения, и в инспекцию по месту нахождения головной организации, в которые были произведены перечисления НДФЛ.