Применить вычет НДС по товарам, оплаченным за счет средств федерального бюджета, нельзя. Поэтому суммы налога, ранее принятые к вычету по товарам, расходы по которым частично компенсированы из федерального бюджета, нужно восстановить. Такой вывод следует из нового письма Минфина России от 31.08.2009 № 03-07-14/91.
Противоположная точка зрения была высказана ВАС РФ в постановлении от 01.04.2008 № 12611/07. Рассмотрев дело по иску организации, которая оказывала жилищно-коммунальные услуги за счет бюджетных средств и средств населения, суд указал, что никаких ограничений для применения вычета НДС законодательство для таких компаний не устанавливает. После выхода этого документа появились и многочисленные постановления ФАС округов, в которых дублировались выводы ВАС РФ.
Вместе с тем, стоит отметить, что позицию финансового ведомства можно считать сформировавшейся. Аналогичный вывод Минфин России уже высказывал в письмах от 15.02.2008 № 03-07-11/64 и от 01.04.2009 № 03-07-11/98.
