Счета учета номенклатуры рекомендуется заполнять для групп справочника.
Соответственно, если в конфигурации "Управление торговлей" добавлена новая номенклатура в группе, которая уже есть в "Бухгалтерии предприятия", то при загрузке будут использоваться счета учета, указанные для данной группы.
Если в "Управлении торговлей" создана новая группа номенклатуры, то перед выгрузкой данных следует вручную создать такую группу в "Бухгалтерии предприятия" и указать для данной группы счета учета.
Если это первая выгрузка в "Бухгалтерию предприятия", то надо выгрузить только номенклатуру и указать для новых групп номенклатуры счета учета, после чего переходить к выгрузке документов.
При выгрузке номенклатура (в том числе и группы) идентифицируется по коду, поэтому в "Бухгалтерии предприятия" при добавлении группы вручную необходимо, чтобы ее код совпадал с кодом группы в "Управлении торговлей".