у меня в 7ке было подобное. По неизвестной причине некоторые документы упоно не переносились в центральную. из-за этого вознкала разница в итогах. Если лень было "вычислять" эти документы, то из периферийной делал центральную и т.д. (центральная только для просмотра и изменений конфигурации). Если "выявлял" эти доки, то достаточно было перезаписать их в периферийной, после чего они начинали "мигрировать" в центральную, как надо!