Печатная форма счет фактуры группирует строки с одинаковым товаром. Если в документе реализации две одинаковые позиции с разными ценами, то в счет фактуру выводится 1 позиция с расчетом цены по средней, а в ТОРГ-12 две строки с разными ценами. Соответственно первичные документы (ТОРГ-12 и счет фактура) имеют различия.
Ответ от налоговой: Согласно п. 2 ст.171 и п. 1 ст. 172 НК РФ условием для принятия суммы предъявленного НДС на вычеты является наличие счеты-фактуры поставщика и факта принятия товаров (работ, услуг) на учет. Оприходование товаров в бухгалтерском учете осуществляется на основании первичных документов, в т.ч. товарной накладной (ТОРГ-12). Соответственно расхождения стоимости товара по данным товарной накладной и данными счет-фактуры не допустимы.