Вы посмотрели только регистр бухгалтерии "Журнал проводок (бухгалтерский и налоговый учет)", а видите сколько вкладок на приведённом Вами документе по зарплате, вот все эти регистры и нужно проверять, по крайней мере, с начала года. А, кроме того, и документ "Начисление налогов (взносов) с ФОТ" делает движения в своих регистрах. Мне кажется Вам нужно связаться со своим программистом, чтобы дал консультацию, как сделать это, т.к. не видя вашей базы, не зная, как он сделал перенос, трудно отсюда давать советы.