Например: у сотрудника стандартный вычет на ребенка 1000 руб. В мае сотрудник идет в отпуск переходящий на июнь. Программа начисляет отпускные за май и июнь, но облагает НДФЛ только майские начисления, а июньские начисления отпуска (которые составили 615,54)-ставит в стандартные вычеты и не облагает НДФЛ. В итоге общая сумма стандартных вычетов составляет 1615,54. Раньше программа просто удваивала вычеты, и в след.месяце не применяла вычет. Но точно не ставила в вычеты сумму отпускных.