На каких КПС вести учет - вы теперь можете решать сами, как вам удобно. Их вы заводите еще при переносе остатков при смене типа учреждения. Тип КПС теперь "Произвольный", поэтому, например, в кассе можно везде указывать один и тот же КПС, в т.ч. и для забалансовых счетов (раньше где-то был расходный, где-то КИВФ). Это непривычно и сразу непонятно, пока не начнешь делать проводки. Зато можно сразу по КПС разделить расходы по платным услугам, где вы сами хозяева. Конечно, для субсидий от Учредителя надо заводить тот КПС, по которому дается субсидия. Некоторые Учредители дали рекомендации по КПС доходов, тогда надо эти рекомендации учитывать. А вообще Учредителя скорее всего пока сами не поняли, как надо правильно работать с КПС-ами, и где в отчетности это вылезет.