все на месте. Что вам не нравится в наших операциях? Планом счетов предусмотрено "...Товары, переданные для переработки другим организациям, не списываються со счета 41, а учитываются обособлено." Для учета таких товаров у нас есть субсчет 5 "Товары, переданные в переработку на давальческой основе". При передаче товаров делаем проводку Дт 41-5 и Кт 41-1. Передача на основании ТОРГ-12 с указанием, что товары передаются в переработку на давальческих условиях. Товар мы получили обратно. Необходимо сделать проводку Дт 41-1 Кт 41-5. Как эти операции сделать в 1С?

Сырье числиться на 10 счетет. У нас  - товар, 41 счет. Предложенный вами вариант уместен для производства.

> Что вам не нравится в наших операциях?
при таких перемещениях внутри 41 счета как вы получите одну номенклатуру из другой, тем более у вас и ед.измерения меняется. Как с количественным учетом быть?

счет 41-5 закроется на одну номенклатуру(тонну). Основание - отчет компании-переработчика. Приход нового товара - на основании ТОРГ-12 и отчета компании-перерработчика.