операции и проводки

Может ли влиять на правильность расчета и работы программы то, что половина документов оформляется как Документ, а половина через Операции?

Смотря, что понимать под работой и какие документы не вводятся. Какие-то удобства могут стать недоступны. Например, если не заводить счета-фактуры, то не сможешь выбирать из их списка, или не сможешь вести книги продаж/покупок в автомате (кажется). Кроме того, придётся либо вручную вводить налоговые проводки (считай, надо зубрить ещё один план счетов, который к тому же постоянно меняется), либо разрабатывать собственную технологию заполнения деклараций. Я три года игнорировал любые документы и гордился этим. Потом плюнул, пусть Нуралиев отрабатывает мои деньги.