Дмитрий, дело уже даже не в авансе. Сделайте любое разовое начисление сотруднику (10000 руб), за минусом НДФЛ к выплате будет 8700 руб. Выплатите эту сумму 2 частями (4350 руб и 4350 руб). Удержанный НДФЛ будет посчитан правильно сразу при первой выплате, а вот "сумма выплаченного дохода" (строка 130) будет зафиксирована только первой выплатой, в результате в строке 130 вместо 10000 мы увидим 4350 + 1300 = 5650 руб.