1C:Торговля и Склад. Почему документ Поступление ТМЦ (Купля-продажа) формирует проводку по счету 41.1 с незаполненной аналитикой по местам хранения?

Партионный учет в программе "Торговля + Склад" ведется не в разрезе складов, а в разрезе материально-ответственных лиц, поэтому достоверных остатков по себестоимости в разрезе складов получить нельзя, в разрезе МОЛ-ов можно получить эти остатки только при ведении партионного учета, что не является обязательным.

Если все-таки есть необходимость это добавить, то нужно внести изменения в двух местах: в правилах конвертации и в настройке проводок по хозяйственным операциям.